IDENTIFIKASI Clithon sp. (GASTROPODA: NERITIDAE) DARI PANTAI BADUR, MADURA BERDASARKAN PENANDA MOLEKULER GEN COI

IDENTIFICATION Clithon sp. (GASTROPODA: NERITIDAE)

FROM BADUR BEACH, MADURA BASED ON COI GEN MOLECULAR MARKER

Neritidae bersifat polimorfik; satu spesies dapat memiliki warna dan pola cangkang yang beragam sehingga memunculkan keraguan identifikasi spesies dari genus Clithon yaitu Clithon sp dari Pantai Badur, Madura. DNA barcode memberikan informasi genetik menggunakan sekuens DNA pendek untuk mengidentifikasi spesies secara cepat dan tepat. Penelitian ini bertujuan untuk identifikasi Clithon sp. dari Pantai Badur, Madura berdasarkan gen COI dan analisis hubungan filogenetik. Metode penelitian meliputi pengambilan sampel, pengawetan sampel, identifikasi jenis secara morfologi, isolasi DNA, amplifikasi, elektroforesis, dan sekuensing menggunakan metode Sanger dengan analisis genetika menggunakan software bioinformatika. Hasil identifikasi DNA barcode COI diperoleh panjang sekuens DNA sebesar 490 bp dengan nilai similaritas tiga sampel Clithon sp. antara 96,75-98.97%  dengan data BOLD System, terdiri atas lima variasi basa nukleotida, nilai rata-rata jarak genetik dengan ingroup adalah 1,97%. Pohon filogenetik Clithon sp. dari Pantai Badur, Madura berada dalam satu clade dengan Clithon sowerbianum dengan metode Neighbor Joining Tree dan Maximum Likelihood dengan nilai bootstrap antara 71-100 dan nilai bootstrap antara 67-100. Analisis menggunakan marka DNA barcode COI telah berhasil mengidentifikasi Clithon sp. dari Pantai Badur, Madura sebagai Clithon sowerbianum.

Kata kunci: Identifikasi Molekuler; DNA barcode; filogenetik 

Neritidae is polymorphic; a single species can have a variety of shell colors and patterns therfore was doubts on the identification of species from the genus Clithon, namely Clithon sp. from Badur Beach, Madura. DNA barcoding provides genetic information using short DNA sequences to quickly and precisely identify species. This study aimed to identify Clithon sp. from Pantai Badur, Madura based on COI genes and analysis of phylogenetic relationships. The research methods include sampling, sample preservation, morphological identification of species, DNA isolation, amplification, electrophoresis, and sequencing using the Sanger method with genetic analysis using bioinformatics software. The results of COI barcode DNA identification obtained a DNA sequence length of 490 bp with a similarity value of the three samples of Clithon sp. between 96.75-98.97% with the BOLD System data, consisted of five variations of nucleotide bases, the average value of the genetic distance with the ingroup was 1.97%. Clithon sp. phylogenetic tree. from Badur Beach, Madura was in the same clade as Clithon sowerbianum with the Neighbor Joining Tree and Maximum Likelihood methods with bootstrap values between 71-100 and bootstrap values between 67-100. Analysis using COI barcode DNA markers has succeeded in identifying Clithon sp. from Badur Beach, Madura as Clithon sowerbianum.

Keywords:  Molecular Identification; DNA barcode; phylogenetic