IDENTIFIKASI FENOTIPIK DAN GENOMIK ISOLAT BAKTERI RIZOSFER CABAI RAWIT (Capsicum frutescent L.) PENDEGRADASI HERBISIDA GLIFOSAT

PHENOTYPIC AND GENOMIC IDENTIFICATION OF CHILLI PEPPER (Capsicum frutescent L.) RHIZOSPHERE BACTERIAL ISOLATES AS GLYPHOSATE HERBICIDE DEGRADERS

Penggunaan herbisida glifosat dari tahun ke tahun terus meningkat, sehingga diperlukan alternatif solusi untuk mengurangi dampak negatif dari penggunaan herbisida glifosat yaitu dengan memanfaatkan bakteri rizosfer sebagai agen bioremediasi. Isolat Cf11 merupakan isolat yang berasal dari tanah pertanian cabai rawit (Capsicum frutescent L.) di area persawahan Desa Sumberagung, Blitar. Isolat tersebut memiliki potensi dalam mendegradasi herbisida glifosat, namun isolat tersebut belum teridentifikasi nama spesiesnya, sehingga perlu dilakukan identifikasi dengan hasil yang akurat menggunakan beberapa metode sekaligus. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi isolat Cf11 berdasarkan identifikasi secara fenotipik dan genomik sehingga dapat diaplikasikan lebih lanjut. Metode identifikasi secara fenotipik terdiri dari motilitas, tipe gram, katalase, sitrat, urease, endospora, Voges-Proskauer, methyl red, produksi indol, salinity tolerance, fermentasi gula manitol, fermentasi gula inositol, fermentasi gula sorbitol, pigmentasi, dan oksidase. Metode identifikasi secara genomik terdiri dari isolasi DNA, amplifikasi sekuens gen 16S rRNA, dan sekuensing. Analisis hasil data fenotipik menggunakan software NTSys 2.02i dan hasil data genomik menggunakan software MEGA11. Hasil penelitian secara fenotipik dan secara genomik menunjukkan bahwa isolat bakteri Cf11 memiliki similaritas yang tinggi Bacillus. Sehingga dapat disimpulkan bahwa isolat bakteri Cf11 merupakan anggota genus Bacillus. Hasil identifikasi ini memperkuat pengetahuan mengenai spesies bakteri indigenous yang potensial sebagai agen pendegradasi glifosat.

Kata kunci: pendegradasi, bakteri rizosfer, herbisida glifosat, identifikasi, spesies.

The use of glyphosate herbicides is increasing year by year, so an alternative solution is needed to reduce the negative impact of using glyphosate herbicides by utilizing rhizosphere bacteria as bioremediation agents. Isolate Cf11 is an isolate derived from chilli pepper (Capsicum frutescent L.) agricultural soil in the rice field area of Sumberagung Village, Blitar. The isolate has the potential to degrade glyphosate herbicide but has not been identified, so it is necessary to identify it accurately using several methods. The purpose of this study was to identify the isolate Cf11 based on phenotypic and genomic identification so that it can be implemented. Phenotypic identification methods consist of several tests, such as motility, gram type, catalase, citrate, urease, endospores, Voges-Proskauer, methyl red, indole production, salinity tolerance, mannitol sugar fermentation, inositol sugar fermentation, sorbitol sugar fermentation, pigmentation, and oxidase. Genomic identification method consists of DNA isolation, 16S rRNA gene amplification, and sequencing. Analysis of phenotypic data results using NTSys 2.02i software and genomic data results using MEGA11 software. The results of phenotypic and genomic research show that bacterial isolate Cf11 showed a high similarity with the genus Bacillus. So it can be concluded that the bacterial isolate Cf11 is a member of the genus Bacillus. This identification result strengthens knowledge regarding indigenous bacterial species that can potentially be glyphosate degrading agents.

Key words: degraders, rhizosphere bacteria, glyphosate herbicide, identification, species.