Karakteristik Molekuler Donax faba (Bivalvia: Donacidae) dari Pantai Nepa, Madura Berdasarkan Sekuen Gen COI
Molecular Characteristic of Donax faba (Bivalves: Donacidae) from Nepa Beach, Madura Based on COI Gene Sequences
Donax faba sangat bervariasi dalam pola dan warna cangkang, tetapi tidak dalam variasi yang konsisten. Variasi morfologi ini perlu ditinjau kembali dengan ciri-ciri genetik. Penanda molekuler gen Cytochrome Oxidase subunit I (COI) merupakan penanda genetik yang memiliki variasi genetik yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi karakteristik DNA barcode Donax faba dari Pantai Nepa, Madura, Indonesia untuk memperkuat data morfologi. Sampel Donax faba diambil dari Pantai Nepa Madura, Indonesia dengan menggunakan metode purposive sampling dengan mengambil tiga jenis variasi dominan dan dua jenis yang paling tidak dominan. Sampel yang diperoleh kemudian diawetkan dalam etanol absolut. Identifikasi molekuler dilakukan dengan tahapan isolasi DNA, amplifikasi menggunakan primer universal COI, elektroforesis, sekuensing, dan analisis genetik menggunakan software bioinformatika. Sebagai data pembanding digunakan data dari GeneBank. Hasil identifikasi DNA barcode menggunakan gen COI diperoleh urutan 650bp dengan nilai kemiripan 72,01-72,12%. Ciri-ciri sekuen gen COI Donax faba memiliki tingkat mutasi tinggi yang menyebabkan variasi genetik yang tinggi mengakibatkan diferensiasi genetik antara Donax faba dari Pantai Nepa dan Donax faba dari Thailand, dan perbedaan lokasi geografis dapat mempengaruhi plastisitas genetik Donax faba.
Donax faba highly varied in the pattern and color of the shell, but does not from consistent type of variaton. This morphological variation needs to be reviewed with this genetic characteristics. Molecular marker of the Cytochrome Oxidase subunit I (COI) gene is genetic marker that has a high genetic variation. This study aimed to identify the characteristics of DNA barcodes of Donax Faba from Nepa Beach, Madura, Indonesia to strengthen morphological data. Donax faba samples were taken from Nepa Beach Madura, Indonesia using a purposive sampling method by taking three dominant types of variation and two types that were least dominant. The samples obtained were then preserved in absolute ethanol. Molecular identification is carried out by the stages of DNA isolation, amplification using COI universal primers, electrophoresis, sequencing, and genetic analysis using bioinformatics software. As comparison data used data from GeneBank. The results of DNA barcode identification using the COI gene obtained a sequence of 650bp with a similarity value of 72.01-72.12%. The characteristics of the Donax faba COI gene sequence have a high mutation rate which causes high genetic variation resulting in genetic differentiation between Donax faba from Nepa Beach and Donax faba from Thailand, and differences in geographic location can affect the genetic plasticity of Donax faba.