Identifikasi Morfologi dan Molekuler Cyprinidae dari Sumber Umbulan Ngenep, Kabupaten Malang, Jawa Timur
Morphology and Molecular Identification of Cyprinidae from the Sumber Umbulan Ngenep, Malang Regency, East Java
Sumber Umbulan merupakan habitat bagi berbagai spesies ikan. Namun, status taksonomi spesies-spesies ini belum diidentifikasi secara akurat. Penentuan status taksonomi yang akurat sangat penting untuk mendukung konservasi dan pengelolaan berkelanjutan sumber daya ikan.. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman morfologi dan genetik pada spesies yang ditemukan di Sumber Umbulan Ngenep menggunakan penanda DNA barcode gen COI. Penelitian ini menggunakan metode Purposive Random Sampling dan jaringan sirip direndam dalam etanol 96% untuk analisis DNA. Spesies yang ditemukan di Sumber Umbulan Ngenep diamati secara morfologis menggunakan pendekatan fenetik. Jaringan sirip dari setiap sampel ikan dikumpulkan dan dianalisis PCR, lalu dianalisis menggunakan BOLD System, rekonstruksi pohon filogenetik, komposisi kodon, analisis ABGD, dan QR Barcode. Analisis morfologi dan genetik (COI) mengidentifikasi Tor douronensis, Tor tambra, dan Barbonymus gonionotus. Data morfometrik menunjukkan perbedaan dalam panjang total dan panjang standar. Analisis filogenetik mengungkapkan tiga apomorfis dan lima automorfis, menunjukkan hubungan dekat di antara spesies. Pohon filogenetik menunjukkan cabang yang jelas, dengan Poecilia reticulata sebagai outgroup dan menunjukkan nilai bootstrap yang tinggi. Komposisi basa COI memiliki kandungan AT yang lebih tinggi daripada kandungan GC. Hasil analisis mendukung keberadaan 4 hingga 6 spesies, dengan divergensi genetik intraspesifik berkisar antara 0,15% hingga 0,26%. Kode bar DNA ditampilkan sebagai kode QR. Studi ini merupakan yang pertama mengidentifikasi spesies yang terdapat di Sumber Umbulan Ngenep, Kabupaten Malang, Jawa Timur, Indonesia. Temuan ini memberikan informasi baru tentang keberadaan spesies-spesies tersebut dan dapat menjadi dasar untuk strategi konservasi dan pengelolaan di masa depan.
The genus Tor comprises freshwater fish belonging to the Cyprinidae family, recognized for their remarkable diversity and broad distribution across Southeast Asia, including Indonesia. Despite this, data on Tor species in certain regions are limited, highlighting the need for additional research to confirm their presence. Therefore, this study aims to examine the genetic diversity and phylogenetic reconstruction of the species observed in Sumber Umbulan Ngenep using the COI gene as a DNA barcode marker. The research was conducting using the Purposive Random Sampling method and fin tissues were preserved in 96% ethanol for DNA analysis. The species found at Sumber Umbulan Ngenep were observed morphologically using a phenetic approach. Fins from each fish sample were collected and subjected to PCR, sequence analysis using the BOLD System, phylogenetic tree reconstruction, ABGD analysis, and QR barcoding. The results of morphological, genetic, and phylogenetic tree reconstruction based on the COI gene indicate that three species have been identified at Sumber Umbulan Ngenep, namely Tor douronensis, Tor tambra, and Barbonymus gonionotus. Based on the phenetic approach, three apomorphies and five automorphies were identified, indicating the relatedness of the observed species with the reference species. The phylogenetic tree topology shows an unambiguous branching pattern for the observed sample cluster with Poecilia reticulata as the outgroup. This study is the first to identify the species present at Sumber Umbulan Ngenep, Malang Regency, East Java, Indonesia. The findings provide new information about the existence of these species and can serve as a basis for future conservation and management strategies.