Tujuan penelitian ini untuk mengetahui senyawa metabolit sekunder yang terkandung dalam ekstrak etanol kulit batang tanaman mengkudu (Morinda citrifolia L.) berdasarkan uji skrinning fitokimianya dan menentukan aktivitas bakteri terhadap bakteri Escherichia coli dan Staphylococcus aureus. Penelitian diawali tahap ekstraksi yaitu metode maserasi dilanjutkan uji skrinning fitokimia. Uji aktivitas antibakteri digunakan metode difusi cakram. Diperoleh ekstrak kental etanol berwarna hijau kehitaman sebanyak 468,3 gram. Hasil uji skrinning fitokimia menunjukkan hasil mengandung senyawa steroid, flavonoid, alkaloid, fenolik, tanin. Hasil uji ekstrak etanol kulit batang mengkudu terhadap bakteri Staphylococcus aureus menghasilkan aktivitas antibakteri tergolong sedang pada konsentrasi 50% dan 60% serta aktivitas antibakteri tergolong kuat pada konsentrasi 70%, dan 80% dengan zona hambat berturut-turut 16,75 mm; 19,75 mm; 21,5 mm; dan 21,75 mm. Sementara itu, menghasilkan aktivitas antibakteri yang tergolong sedang pada konsentrasi 50% serta aktivitas antibakteri yang tergolong kuat pada konsentrasi 60%, 70%, dan 80% dengan zona hambat berturut-turut 20 mm; 23 mm; 24 mm; dan 27,75 mm pada bakteri Escherichia coli. Kemampuan antibakteri antibiotik amoksisilin 10% sebanding dengan 70% ekstrak etanol kulit batang mengkudu pada bakteri Staphylococcus aureus dan sebanding dengan 60% ekstrak etanol kulit batang mengkudu pada bakteri Escherichia coli.